早在1950年，我所即在秘书科设兼职档案员1人，并于1953年和1955年两次进行全所规模的文件材料收集工作。
    1959年，在国家档案局的推动下，我所提出按课题建档的设想，完成了水煤气合成液体燃料课题的整理、立卷、归档工作。同年12月，国家档案局曾三局长在我所主持召开"全国技术档案工作现场会议"。
    根据1959年《中央关于统一管理党政档案通知》精神，我所于1960年2月成立了由党委直接领导的联合档案室，组织了有76人的兼职档案员队伍，这我所最早的档案管理网络。
    1963年我所成立情报档案室，并于1964年5月首次制定出《大连化学物理研究所关于建立健全精密仪器档案管理办法》（草案）。
    1965年4月，根据中共旅大市委"战备档案工作会议"精神，所党委抽调专人划定了科技档案的第一个保管期限表，将科技档案的保管期限划分为永久、长期、短期三类。
    十年动乱期间，我所档案室被撤消，档案人员被下放到农村劳动。档案工作由一名资料员兼管，已建立的档案制度无人遵循，档案资料无人收集，因此这段时间的技术档案残缺不全。
    1972年，我所成立技术情报室，所属科技处，设置了专职技术档案人员，对失散的大量档案资料进行了回收、整理、归档。
    1979年全国档案工作会议后，我所档案工作得到了加强和充实。1980年4月成立了技术档案室。重建了档案管理网，修订了"科研专题档案管理办法"、"精密仪器设备档案归档制度"和"科研专题归档分类表"，归档制度趋于完善，分类管理更符合实际。1984年，所档案室被辽宁省档案局评为科技档案先进集体。
    1993年我所根据国家档案局、国家计委、国家科委和建设部联合印发国档发（91）16号文"关于科学技术事业单位档案管理升级办法的通知"要求，把档案建设工作纳入本所发展计划，成立了综合档案室，并投入专项经费11万元，完成了综合档案库房的改建和设备添置工作。
    1996年7月，中国科学院印发"关于开展档案工作目标管理活动的通知"，我所于当年12月成立档案目标管理领导小组，明确一名副所长主管档案工作，并担任档案目标领导小组组长；所班子把档案工作纳入"所长任期目标"中。
    1999年3月，我所下发了《重新公布档案工作管理网络的通知》，对档案管理工作网络成员、 兼职档案员职责做了明确规定，进一步加强了档案达标后的整改工作。
    1997年4月，综合档案室搬迁至新址，面积达200平方米，条件有了极大改善。先后配备了计算机4台，照相机、扫描仪、激光打印机、空调机、去湿机、粉碎机各1台，防磁柜2个、密集架、档案柜等多种设备，基本满足了档案工作和现代化的需求。
    在进入中科院知识创新一期工程后，我所基于档案、 情报、图书一体化管理的思路，于1999年初成立了图书档案信息中心，将综合档案室、图书馆、编辑部、网络中心纳入统一管理，实现了更大范围的资源共享。
    综合档案室现有档案人员2人，研究生学历1人、大学本科学历1人，中级职称2人，均为中共党员。
    综合档案室于1997年12月25日通过了“科技事业单位档案管理国家二级”称号，2001年6月，通过ISO9001质量体系认证工作，2002年2月2日通过了“科技事业单位档案管理国家一级”称号，在全院五个国家一级单位中排名第三。
    2003年3月，荣获大连市“三八”红旗集体荣誉称号，2003年9月，为纪念《档案法》颁布15周年，集体参加的大连市档案局组织的“新船杯”档案业务技能大赛荣获第三名。
    2004年9月20-21日，在所班子的重视、相关部门的配合、档案人员的努力下，我们已顺利完成我所1980年以前符合进馆要求的2205卷档案，并安全移交中科院档案馆。至此，为我所历时一年零三个月的档案进馆工作划上了圆满的句号。记载着大连化物所发展历史的重要档案（1912年至1980年）在院档案馆里得以永久保存。
    2006年1月，综合档案室获大连市档案先进集体。
    2006年5月，荣获大连化物所保密工作先进集体。
    2007年6月，荣获“中科院公共事务档案管理标准院一级”单位，在全院名列前茅。